上海虹口區通過構建水體生態系統，針對中心城區主干河道，開展水生態修復技術試驗性研究。水體生態系統宏觀上包括水生動植物，而微觀上則是微生物。這里便從微生態凈水的角度進行闡述。

微生物的生長實際上是微生物對周圍環境中的種種因素的綜合反應。當有機物多時，以有機物為食料的細菌占優勢，數量最多；當細菌很多時，出現以細菌為食料的原生動物；而后出現以細菌及原生動物為食料的后生動物。

目前，污水處理主流工藝便是污水生物處理，而以生物接觸氧化為核心的HDP微生態直接凈化工藝也成功應用在眾多河道水體生態治理中，如故宮筒子河、天安門金水河等河道治理項目。