藻類的處理方法大致分為物理方法除藻、化學方法除藻和生物方法除藻。 　　

1.物理除藻方法大體又可分為工程除藻和直接物理除藻。工程除藻主要是采用引水換水、底泥疏浚、圍隔攔截等工程。直接物理除藻主要指機械清除、吸附、曝氣和氣浮、磁聚除藻、超聲波和電磁波除藻、遮光、過濾、人工打撈等多種方法。

人工打撈收獲藻類是控制藍藻總量最直接的方式，能有效減輕局部水華災害，在收獲藻類的同時起到輸出營養物的作用，減輕藻體死亡分解引起的藻毒素污染。由于人工打撈收集手段落后，時間有限，導致效率低、費用高。機械除藻是將藻類從湖泊中移出的一種機械方式，一般應用在藍藻富集區(借助風向、風力等將藍藻圍欄集中在某一區域),采用固定式除藻設施和除藻船對區域內湖水進行循環處理，有效清除浮藻層，為化學或生物除藻等措施的實施創造條件，可以作為輔助措施。　　

2.化學方法：是用殺藻劑殺死藻類。這種方法適合于水華盈湖的水體。殺藻劑將藻殺死后，水藻腐爛分解仍舊會釋放出磷，因此，應該將被殺死的藻類及時撈出，或者再投加適當的化學藥品，將藻類腐爛分解釋放出的磷酸鹽沉降。目前，常用的殺藻劑主要有硫酸銅、高錳酸鹽、硫酸鋁、高鐵酸鹽復合藥劑、液氯、ClO₂、O₃和H₂O₂等。利用化學殺藻劑除藻雖然效果顯著、見效快，但必須慎重使用。 　　

3.生物方法：又分為微生物方法和生物生態方法。微生物方法治理藍藻原理：利用生物裂藻劑或藍藻生物抑制劑破壞藻體細胞，使細胞正常代謝終止，最終藍藻死亡并沉于水體底部。利用水體底部土著微生物菌群(主要指光合細菌、乳酸菌和硝化細菌等)分解死亡的藍藻，并將其最終轉化成氮氣，完成脫氮。生物生態方法主要是利用食用藍藻的鞭毛蟲、變形蟲、纖毛蟲等原生動物和三角蚌、鰱魚等水生動物去除藍藻，種植挺水植物、浮葉植物(如巨紫根水葫蘆)等水生植物抑制水體中的藍藻的生長，從而使水體得到凈化。

水體富營養化防治之除氮控磷的主要措施