人工濕地系統達到最優凈化處理效率需2-3個生長周期，運用人工濕地技術模擬自然水景生態系統，能夠過濾懸浮物和吸收氮磷，可使水體一段時間內保持清澈和無異味的狀態。

但在實際應用中，人工濕地系統尚有不少不足的地方，主要有以下幾個方面：

（1）土地問題

據經驗表明，人工濕地處理1m³生活污水需要占地5-10m²。即使是水污染程度較低的景觀水凈化處理，土地實際需要量仍然很大。

（2）凈化問題

人工濕地技術難以去除污水中的氯化物、高濃度氮氨、色度等。

（3）水體問題

水量3000m³-5000m³的水系比較適合運用人工濕地凈化技術，超此范圍內的水體（該項目水量為20多萬m³）因循環時間過長及水泵調水成本過大，需結合實際項目具體分析。

（4）池底結構問題

人工濕地應如何處理池底防漏及與地下水雙向流動的問題。

（5）堵塞問題

據美國環保局對100多個運行中人工濕地的調查，有將近一半的濕地系統在投入使用后的5年內出現了堵塞問題，其水力傳導系數降低，除污效果變差，運行壽命縮短。