傳統理論認為，水體污染后種植水生植物是一種生態無污染的水處理方法，該方法就是模擬生態系統的結構，對食物鏈中的生物進行合理配置，從而使食物鏈中各個生物之間能相輔相成。遺憾的是這種方法掌握起來較難，管理技術要求頗高，調控過程非常復雜，抗自然災害風險能力很弱。

種植水生植物的水環境是一種比較復雜的生態系統，而水體本身就是一個微生物生態系統。這種微生態系統更原始，更穩定，更易維持。湖泊，河流，海洋等各種地面水中都存在著各種各樣的微生物，但它們所含的微生物種類、數量和分布都不相同。其中有些是“土生土長”的，例如自養菌中的硫磺細菌，硝化細菌，鐵細菌，光合細菌等。異養菌中的假單胞桿菌，放線菌，真菌，原生動物及藻類。另一些水生細菌是外來的，它們來自土壤，空氣，垃圾，工廠廢物或城市下水道污水。在這些微生物中，其中對水體感官比較好的是好氧菌，其可以利用水體中的污染物為營養物質進行生長繁殖，而且它們的代謝產物同人類相同，都是二氧化碳和水。

微生態學原理也被完美應用于景觀水處理行業中。北京佳業佳境環保科技有限公司的HDP景觀水直接凈化技術工藝首次直接在景觀水體內部建立一個“看不見的污水處理廠”，培養龐大的微生物種群，建立健康的微生態體系，使微生物通過新陳代謝完成對污染物的去除，達到水質凈化的目的，是一種更為經濟有效的生態方法。