微生物的現代定義為：一切肉眼看不見或看不清的微小生物。不過有些微生物諸如屬于真菌的蘑菇、靈芝等是肉眼可以看見的。

微生物學專家周德慶教授的定義是：微生物是形體微小、單細胞或個體結構簡單的多細胞、甚或無細胞結構的低等生物的統稱。

因此，微生物并不單單只是我們通常所想到的病毒、細菌，而是千姿百態、種類繁多。自然界中有10萬多種以上的微生物，廣泛存在于空氣、水、土壤和各種物體、動植物體、人體表面及與外界相通的腸道中。并且這些微生物中絕大多數是有益的，正化身為“正義斗士”在為人類創造更為美好的生活。 我們知道，地球誕生至今已有46億多年，而最早的生物——微生物中的菌藻植物35億年前就已出現在地球上，人類出現在地球上則只有幾百萬年的歷史。因此有科學家說生命來源于微生物。

微生物可謂是上天入地、極地叢林、高山深海無處不在，它是我們生活中的重要伙伴，從我們人類產生之始它就伴隨著我們。微生物與人類的關系是非常親密無間的，從人類賴以生存的衣食住行，到人類認識自然實現太空夢的每一次努力，都離不開微生物。

說遠點，要是沒有微生物，地球上將是尸骨如山、滿眼垃圾、遍地惡臭，而不是如今我們享有的新鮮的空氣、清澈的溪流……微生物是生物中一群重要的分解代謝類群，在物質循環過程中，它們可以將死亡的尸體或機體進行分解，將有機質轉化為無機質，進而參與新的循環。正是由于微生物在維持生態平衡中的物質循環里不可替代的作用，才使生命不斷向前發展延續。

近點說，我們人體自身也是微生物的居住之處。如果說你身上攜帶的微生物數量超過你自己全身的細胞數量，你一定覺得毛骨悚然。而事實上，每個人自身攜帶的微生物數量不僅超過自身的細胞數量，甚至可以多達自身細胞數量的100倍以上，僅僅腸道中的微生物總量就高達100萬億之多。不過這些微生物在人類的長期進化中已經成為人體的一部分，它們中大多數是中性的，對人體沒什么不好的影響，而且其中相當一部分是對人體有益和不可缺的。對人體有害的細菌無論在種類還是在數量上，都不是很多或不占主流，因此全世界大多數人才能在這個龐大的生命體系中維持正常的繁衍。 此外，大量有益微生物被廣泛應用于工業來為人類造福。工業微生物涉及食品、制藥、冶金、采礦、石油、皮革等多種行業。

在食品學中，部分有益微生物可以用來生產奶酪、面包、泡菜、啤酒等。絕大多數人都喜歡飲用酸奶，因為酸奶不僅美味，更具有促進消化、預防癌癥、降低膽固醇等功效。可是，賦予酸奶這些價值的你可知是誰？沒錯，就是微生物的一種——乳酸菌，包括雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、干酪乳桿菌等。不管是何種酸奶，其共同特點都是富含乳酸菌，乳酸菌在人體腸道內繁殖時會分泌對人體健康有益的物質，因此是好處多多。

微生物在醫藥界也有著不容忽視的作用。醫藥界一個劃時代的發現——青霉素的發現，則是科學家弗萊明從青霉菌能抑制其他細菌生長中獲得的重大成果。為人們熟知的藥物抗生素可用于各種傳染性疾病的治療，它不僅能夠殺滅細菌，而且對霉菌、支原體、衣原體等其它致病微生物也有良好的抑制和殺滅作用。可抗生素本身亦是來自微生物，它是由微生物（包括細菌、真菌、放線菌等）在生長繁殖過程中產生的具有抗病原體的一類次代謝產物。

微生物在環境保護中也具有重要意義。利用微生物肥料、生物農藥等來取代化學肥料和化學農藥以減輕對環境的傷害；利用微生物的降解、氧化等生化活性來凈化生活污水、有毒工業污水、有機生活垃圾等。拿水處理來講，正是因為有起硝化作用的硝酸細菌和亞硝酸細菌；起反硝化作用的假單胞菌、產堿桿菌等；起硫化作用的硫化細菌、光能自養硫細菌等；起反硫化作用的脫硫弧菌；起除磷作用的聚磷菌等眾多有益微生物，渾濁黑臭污水才能被凈化為一池池清泉。

微生物，微而不微。HDP景觀水直接景觀工藝，便是在景觀水體中營造適宜凈水微生物生存的環境，進而依托微生物達到修復水體功能，目前應用在了上百個景觀水處理項目中，效果極好，值得推廣。